Integrasi penanggulangan HIV & AIDS sebagai sebuah upaya inovatif ke dalam sistem kesehatan, diyakini merupakan strategi yang tepat untuk meningkatkan efektivitas, efisiensi dan keberlanjutan inovasi tersebut di masa depan. Meskipun demikian, strategi untuk mendorong integrasi ini tidak selalu mudah untuk dicapai karena adanya berbagai kepentingan strategis maupun praktis di tingkat kebijakan maupun di tingkat pelaksanaan. Upaya untuk mencapai tingkat integrasi yang diharapkan ternyata sangat tergantung oleh berbagai konteks dimana sistem kesehatan dan upaya penanggulangan HIV & AIDS ini bekerja. Komitmen politik dari pimpinan daerah, situasi ekonomi, keberadaan hukum dan regulasi yang tidak selalu mendukung penanggulangan HIV & AIDS ternyata menentukan seberapa jauh suatu program bisa diintegrasikan. Integrasi juga hanya bisa diwujudkan jika secara bersamaan ada upaya untuk memperkuat sistem kesehatan itu sendiri, serta ada interaksi yang saling mendukung antar pemangku kepentingan dalam sistem kesehatan dan penanggulangan HIV & AIDS.