Sistem Kesehatan di Indonesia dalam kebijakan desentralisasi diformulasikan dalam Sistem Kesehatan Nasional (SKN) berdasarkan Peraturan Presiden No. 72 Tahun 2012. SKN adalah pengelolaan kesehatan yang diselenggarakan oleh semua komponen Bangsa Indonesia secara terpadu dan saling mendukung guna menjamin tercapainya derajat kesehatan masyarakat yang setinggi-tingginya.

SKN di Indonesia telah mengalami 4 kali perubahan atau pemutakhiran. SKN  2012 ini merupakan pengganti dari SKN 2009, sedangkan SKN 2009 merupakan pengganti SKN 2004, dan SKN 2004 sebagai pengganti SKN 1982. Pemutakhiran ini dibutuhkan agar SKN 2012 dapat mengantisipasi berbagai tantangan perubahan pembangunan kesehatan dewasa ini dan di masa depan. Oleh karena itu, SKN 2012 ini disusun dengan mengacu pada visi, misi, strategi, dan upaya pokok pembangunan kesehatan sebagaimana ditetapkan dalam: a. Undang–Undang Nomor 17 Tahun 2007 tentang Rencana Pembangunan Jangka Panjang Nasional Tahun 2005–2025 (RPJP-N); dan b. Rencana Pembangunan Jangka Panjang Bidang Kesehatan Tahun 2005-2025 (RPJP-K).

Pada tingkat daerah, implementasi SKN diterjemahkan melalui perda, pergub, perbu atau perwal. Walaupun tidak secara eksplisit Perpres 72/2012 mewajibkan untuk menerbitkan pertaruan di tingkat daerah. Penekanannya terdapat pada pengelolaan kesehatan berdasarkan SKN harus berjenjang di pusat dan daerah dengan memperhatikan otonomi daerah berdasarkan kerangka Negara Kesatuan Republik Indonesia dan otonomi fungsional berdasarkan kemampuan dan ketersediaan sumber daya di bidang kesehatan. Berikut dokumen Perpres 72/2012 dan beberapa perda yang dikeluarkan oleh pemerintah daerah tentang sistem kesehatan daerah.